Nogometna tradicija v Biljah sega že v mesec november 1945, ko so ustanovili Fizkulturno društvo Partizan Bilje, želja po ustanovitvi nogometnega kluba pa je bila uresničena že naslednje leto, leta 1946.
V okviru Fizkulturno društvo Partizan Bilje so takratni navdušenci, na čelu z Milanom Komelom, ustanovili tudi nogometni klub. Vodstvo kluba je kmalu po ustanovitvi prevzel Marjan Orel, trener pa je bil Edi Koglot. Ker v Biljah ni bilo igrišča so trenirali kar na travniku na Javniku, prve tekme pa so igrali v Mirnu, kjer sedaj domuje ND Adria. Prvo prijateljsko tekmo je Partizan Bilje odigral 1. decembra 1946 proti FD Adriji iz Mirna in rezultat je bil 1:0 v korist Adrije.
V prvi sezoni med letom 1946/47 so nastopali v prvenstvu goriškega okrožja, kjer so biljenski nogometaši, v tedaj v slovensko-italijanski pokrajinski ligi osvojili 1. mesto. V prvenstvu so sodelovale še ekipe Adrije iz Mirna, Medee, Ločnika in Krmin II. Sledile so kvalifikacije za vstop v slovensko ligo. Na primorskem delu sta bili po dve skupini s po petimi ekipami. V drugi skupini so bili skupaj z Biljami še Adrija, Tolmin, Volga iz Solkana in Ajdovščina. Biljenci so se prebili vse do finala, kjer so premagali Tolmin s 4:2 (1:2). Naslednjo kvalifikacijsko tekmo za vstop v I. slovensko ligo je Partizan Bilje (17.8.1947) odigral z močnim klubom Železničar iz Maribora, ki je premoč potrdil z zmago 8:0. Mariborski Železničar se je tako uvrstil v I skupino (1. slovensko ligo), Bilje pa v II. skupino (2. slovensko ligo).
Takoj po priključitvi tega dela Goriške k Jugoslaviji leta 1947 je vzniknila ideja o združitvi treh nogometnih ekip in sicer ekip Adrije iz Mirna, Partizana Bilje in TD Gorica iz Šempetra v močan klub Železničar Nova Gorica, ki je predhodnik sedanjega prvoligaša ND Gorica in ki je svoje tekme igral na nogometnem igrišču v Šempetru pri Gorici. Pravico nastopanja v II. slovenski ligi je imel TVD Partizan Bilje. V močni združeni ekipi v Šempetru v letu 1947 so večinoma nastopali in se tudi izkazali mnogi nogometaši, ki so izhajali iz biljenskega nogometnega kluba, saj so v nov klub prinesli pomembne tekmovalne izkušnje. Kljub selitvi celotne ekipe in vodstva v Šempeter pa so v Biljah domačini že leta 1948 uredili igrišče, ki je služilo predvsem vadbi in tekmam nižjih starostnih kategorij, kar je bila dobra osnova za oživitev dejavnosti leta 1972.
Izpostaviti je potrebno, da je bilo zaradi združitve delovanje kluba v Biljah za nekaj časa občutno zmanjšano. A želja po nogometu tudi v domačem kraju pa ni ugasnila. V Biljah so jo ohranjali z dejavnostjo v nižjih starostnih kategorijah ter rekreacijo.
Članska ekipa je v Biljah je ponovno zaživela leta 1972, ko so reorganizirali ND Bilje.
Tekma Renče : Bilje, ki je odločala o prvaku Primorske lige (1974)
Do leta 1976 je ekipa nastopala s pionirji, mladinci in člani v Primorski ligi, v kateri so bili vedno pri vrhu prvenstvene lestvice. To je tudi obdobje, ko se je aktivno pričelo urejati igrišče, okolico in osnovno infrastrukturo, med njimi tudi zgradbo s slačilnicami.
Žal pa je reorganizacija nogometa v Sloveniji s tako imenovanimi »portoroškimi sklepi« leta 1976 vplivala na to, da se je tudi v Biljah za nogomet zmanjšalo zanimanje. Toda ne za dolgo, saj so v Biljah že leta 1977 postavili reflektorje ob velikem igrišču, ki so takrat bili drugi taki v slovenskem prostoru. Zadnja desetletja je navdušenje in delo v klubu v polnem zamahu tako po strokovni kot prostovoljni plati, veliko se je uredilo tudi na infrastrukturi. V letih 2000 in 2001 se je prenovilo in razširilo prostore garderob in uredilo servisne objekte ter uredilo drugo igrišče v Dolinci, ki je postalo glavno, kjer so bile že predhodno nameščene tribune.
Leta 1986 je ŠD Partizan Bilje prejel Bloudkovo plaketo za uspešno organizacijsko in tekmovalno dejavnost.